Das Roncalli-Kolleg wurde in den Jahren 1968 – 1970 durch das Erzbischöfliche Ordinariat München von den Architekten Hom & Eggendorfer gebaut. Es wurde als Stiftung des kirchlichen Rechts für die Studierenden der Münchner Fachhochschulen errichtet, die auch zu dieser Zeit gegründet wurden.

Seinen Namen erhielt das Kolleg zum Gedenken an Papst Johannes XXIII, der mit bürgerlichem Namen Angelo Giuseppe Roncalli hieß. Er war der Papst, der das reformreiche II. Vatikanische Konzil 1962 einberufen hatte und starb im folgenden Jahr, am 3. Juni 1963.

Initiator für den Bau des Studienkollegs war der damalige Studentenpfarrer P. Richard von Aretin SJ, der selbst von 1970 bis 1988 das Kolleg und die Studentengemeinde an der Fachhochschule leitete. Grundidee des Katholischen Studentenzentrums war und ist die Synergie von Studienkolleg mit 124 Wohnplätzen und der Katholischen Hochschulgemeinde – KHG an der Hochschule München.